Die seit 2001 im Aufbau befindliche Sammlung des MARTa Herford nimmt einen Bezug zur speziellen Ausrichtung des Museums. Jan Hoet wählt Werke zeitgenössischer Künstler aus, die im Spannungsfeld von Architektur, bildender Kunst und Design arbeiten wie beispielsweise Manfred Pernice, Art & Language, Thomas Huber, Thomas Rentmeister, Reinhard Mucha und auch Robert Wilson. Die Sammlung MARTa Herford wird zugunsten von Wechselausstellungen nicht ständig im Hause präsent sein.